Jan Rataj pochází s Týna nad Vltavou, malého města v blízkosti jaderné elektrárny Temelín. Po zakončení studia na vltavotýnském gymnáziu, nastoupil v roce 1995 ke studiu jaderného inženýrství na Fakultě jaderné a fyzikálně inženýrské, ČVUT v Praze. V tomto oboru absolvoval jak inženýrské, tak i doktorské studium. V letech 2012 až 2013 absolvoval šesti měsíční stáž ve Spojených státech amerických na úřadu pro jadernou bezpečnost - US NRC. Během stáže se věnoval především hodnocení bezpečnosti výzkumných jaderných reaktorů a účastnil se inspekcí na těchto zařízeních.
Pracovníkem Katedry jaderných reaktorů se stal v roce 2001, od roku 2005 působí jako akademický pracovník. V letech 2008 až 2018 zastával funkci vedoucího provozu reaktoru a zástupce vedoucího katedry. Od roku 2018 vykonává funkci vedoucího katedry.
Jako akademický pracovník zajišťuje výuku v oblasti experimentální neutronové a reaktorové fyziky. Věnuje se experimentální a výukové činnosti na školním reaktoru VR-1 a jeho laboratořích, rozvoji praktického jaderného vzdělávání a experimentálních metod reaktorové fyziky. Dlouhodobě spolupracuje s MAAE v oblasti využívání výzkumných jaderných reaktorů a jaderného vzdělávání, účastní se misí MAAE zaměřených na hodnocení bezpečnosti výzkumných jaderných zařízení. Je členem Rady Státního ústavu radiační ochrany, v.v.i.